［個体群］ふぐ

　食べものの話その２はふぐである。私自身、福岡滞在年数は四捨五入すると０年で、ふぐを食べたといえる経験は５回もない。回りも四捨五入すると福岡滞在年数０年の人ばかり（少し前に50人ほどチェックしてみたが、みなそうだったーこの人は、と思って聞いてみると他県の出身だったりする）で、福岡における豊富なふぐ体験を誇る人は皆無だった。数少ない経験だが、ふぐはうまい。とくに白子を焼いたものは・・・うまい・・・

［個体群］ごまさば

　２日半ほど前に食べ物の話をする、と書いた。個体群の研究集会は11月なので、乏しい知識を搾り出して、冬の味覚について書いてみる。まずは、ごまさばだ。これは、サバの刺身を炒ったごま・しょうゆ・わさびなど（煮切った酒も入っていたりみりんも入っていることもある）で和えたものである（のりや刻んだねぎがかかっていることもある）。値段も手ごろである。いろいろなところで食べられると思う。
　やや濃い目の味のたれでヅケにしておき、ご飯の上にのせて湯漬けにしてもおいしい。

［統計］［本］Randomization, Bootstrap And Monte Carlo Methods in Biology, 3rd ed.

Bryan F. J. ManlyのRandomization, Bootstrap And Monte Carlo Methods in Biology.
(Chapman&Hall/CRC)の第3版も来ていた。第2版と比べると、50ページくらい増えているが、章立てはほぼ同じである。前書きによると、回帰分析や時系列などがとくに変わっているらしい。

［学会］個体群生態学会は九大で

　個体群生態学会の研究集会を11月に九大で行うことになり、次第に準備の密度が上がってきている。テーマ選定なども大学院生など若手中心という方針で、I教授（理論の）を総元締めにして、私もいつもとはちがう役回りをしている。
　福岡や博多の食べ物の話（私から見た、ということである）など書いてみることにする。

［統計］［本］Generalized Linear Models With Random Effects

　人間ドック明けで夜やってきたら、
Generalized Linear Models With Random Effects: Unified Analysis Via H-Likelihood
著者Y Lee, JA. Nelder , Yi Pawitan
出版社Chapman&Hall/CRC
が来ていた。LeeとNelderという組み合わせは一般化線形モデルやその拡張でたくさんの論文を書いている。サブタイトルにもあるH-LikelihoodはLeeとNelderがRoyal Statistical Societyで発表したとき”disaster”を招いた［と著者らが書いている］ものである（”disaster論文”はJ.R.Statist.Soc.B, 58(4), 619-673）。

　Pawitanが著者にはいっているので、もしかすると「ぎょえ」というほどには数学っぽくはなかったりしないだろうか、と期待していたが、少しだけ見た限りでは、悲鳴が出なくても済みそうである（サンプリングエラーかもしれないが）。
　なお、この本にはGenStat[以前、買おうかと思って、高いのですぐにやめたことがある]のCD-ROMがついている。どうも1年間はただ（と言っても本自体は高いが）で使えるらしい。NelderだからGenStatなのでしょうか。

［香椎・千早］千早にスーパー

　千早駅ビルに西鉄ストアができたと思ったら、国道３号線の機動隊よりも少し名島よりにスーパーらしき建物ができている。どうもマックスバリュらしい。2700平方メートルくらいの売場面積とのことで、結構広い。マックスバリュということは24時間営業なのだろうか。

［統計］なんでも最尤法

　一時期、なんでも最尤法で考えていた時期があるーその前に、なんでもノンパラメトリクス期となんでもランダマイゼーション検定期があった。なんでも最尤法期は、もしかすると、まだ続いているかもしれない。２年に一度行っている統計的方法の授業（たぶん不評ーもっと貫禄のある人向きであろう）でも、最初の”まくら”の次には、いま生態学などを専門とするとして、もし、統計的な概念を１つだけ理解するとしたら、尤度だろう、というような話をしている（その次には、尤という字は犬ではないので「けん」と読んではいけない、といったはなしが挟まることになっている）。
　私が大学院生の時には、最尤法は何か難しいらしい高級っぽいが内容不明な方法だった。あるとき、こんなシンプルなものなのか→役に立つはずがない、と思った経験があり、その「たいしたものじゃないのでは・・」という状態から、尤度比検定とFisher情報量（分散の推定）でギャアと言うような衝撃を受けて、なんでも最尤法に至るわけである。複雑な問題には尤度比検定、最尤法がわかればデータ解析などの見方が広がるなど、いろいろご利益はあると思うし、何かの目安にしている統計量が妥当かどうかなど、最尤法が大きく扱われている生物学者向けデータ解析本としてはむずかしめの本にはあまり載っていないような役立ち方もするはずである。
　なんでも最尤法の時期には、普通、ノンパラメトリックな方法で扱うような問題も最尤法で考えようとしてしたりした。ノンパラメトリック尤度のような道具立てを考える力はなかったので、個人的な頭の体操以上のものではなかったが。

　最尤法への理解と役立つ範囲は、一応知っているのではなく、しゃぶりつくしたように理解した確率モデルの数とともに深く広くなると思う。等分散正規分布のｔ検定と同じ状況のモデル、単回帰の等分散正規分布のモデル、二項分布のモデル、ポアソン分布のモデルなどは基本だろうが、等分散ではない正規分布、等分散正規分布でも混合効果モデル、正規分布のmixture、二項分布を少し修正した確率が他の試行の影響を受けるモデル、Bradley-Terryモデル、error-in-variableモデルなど、自分の研究や関心に近いものをやってみると、意外なところで役立つことが多い。

（この項、さらに追加する予定です）

［九大周辺］筑紫ヶ丘

　Googleローカルでふと、筑紫ヶ丘　と入力して検索してみると、神戸の北の方にすっ飛ぶのでびっくりした。筑紫が丘小学校もあり、つくしがおか、と読むらしい。筑紫丘　だと、福岡の大橋駅から少しのあたりに行く。こちらには、筑紫丘小学校があり、読み方は当然、ちくしがおか、である。

［九大周辺］台風の後

　昨日、ひさしぶりに飲みに行った。大学のそば（東［箱崎方位ではなく］側）では、直径30cmを越えるような木が何本か倒れていた。二次会後、貝塚駅で終電に間に合い、千早まで（香椎宮前よりも千早の方がやはり近いようだ）。背の高いドコモビルは、暗いためか夜はあまり目立たなかった。
　なぜか、今日も飲み会。ネットワーク関係の話を聞けてよかった。その場で書き留めておかなかったので、忘れてしまったことも多いような気がする（荒江のカレー屋さんのことなどは細部まで覚えているのが不思議）。さて、二日続けて飲むということは、私の場合、２日連続で飲み会が設定されたということとほとんど同じ（今回もそう）で、ほとんど起こらない。少なくとも１年ぶりだろう。
　今夜も、貝塚駅から、千早まで。まだ、西鉄ストアも本屋もドラッグストアもあいていた。千早駅前は、深夜になると”客層”ががらっと変わるようだ。少し前、深夜に通って驚いた。
　二日にわたって箱崎キャンパスの周りをうろうろ歩いて、”コンビニ沙漠”を実感した。

［九大周辺］千早駅

　夜、九大に来たお客さんと酒を飲む機会があるなどして、ひさしぶりに、千早駅を利用した。駅ビルの一階には、西鉄ストアや本屋（メトロ書店）などがはいっていた。ドコモビルがすぐ近くにあるので、遠くからでも、千早駅の場所はわかりやすい。
　九大（箱崎キャンパス）に行くときには、箱崎にはとまらない列車もあるし、目的地と時間帯にもよるだろうが、私にとっては西鉄の方が便利である。

［九大］［九大周辺］台風

　昨夜の台風通過のときはすさまじい風だった。今日は、かなり太い枝が散乱しており、大学では、どこから飛んできたのかわからない、おそらく鉢植えであったであろう花（あるいは花だったであろうもの）が道に転がっていた。建物のドアがまがって閉じたまま開かなくなっているところもあった。台風一過とはいかずに今日も天気が悪いので、明日でも点検してみないといけないだろう。
　この連休は、台風だけではなかった。序奏としての木曜日深夜の緊急呼び出し＆出勤（というよりも雰囲気は出動）、土曜日の呼び出し＆出勤（こちらも出動、バックにワンダバでもかかると似つかわしい感じであった）で、結局、３日とも出勤、しかも、大学自体としては休みなので問題解決は明日以降に積み残し（怪獣を倒して一件落着と）、という、いかにもありそうで落胆、といった成り行きだった。途中で、消防団の方がなくなったというニュースを聞き、（私は消火や水防にいくわけではないが)普段から似ているところが多いと感じているので、ますます暗くなった。
　結局、九大でやっていた数理生物学会も数個の話しか聞けず（当日参加したのに）、降ってきたような上記トラブルは積み残し、研究室のコンピューターの外付けハードディスクの１つ（まだ３年はたっていないはず）は壊れる、と、プラスは数理生物学会に来られた方と何人かお話できたことくらいで、差し引き大幅マイナスの連休である。

［九大］九大から歩くと・・・

　学会などで九大にきたとき、夜は天神（福岡市随一の繁華街とされている）などに出かけることもあるだろう。たいていは地下鉄で行くだろうが、歩いたとすると九大箱崎キャンパスから4.5kmくらい（直線ではなく実際の道のり）である。もちろん天神も箱崎キャンパスも広がりがあるので基点によりいくらかの差は生じるが、歩いておよそ1時間かあと少しくらいのところにある。
　福岡空港（地下鉄の空港駅付近）だと、九大箱崎キャンパスの正門から歩いたとして、4.2kmくらいである。また。JR博多駅は九大箱崎キャンパスの正門から、ちょうど4kmくらいである。
　天神も空港も博多駅も、九大箱崎キャンパスから歩いたとして１時間ほどのところにある。

［鳥だの森だの］赤外線・紫外線デジタル一眼レフ

　アメリカのフジフィルムが赤外線・紫外線もカバーするデジタル一眼レフを発売するそうだ。とくに紫外線用は使うときは使うのですが、約1800ドルでニコンマウント・・・うーむ。
　EOSマウントのレンズならそこそこいろいろなのがあるのですが、ニコンだと大判用とEL-Nikkorになってしまう・・・。まあ、EL-Nikkor＋ヘリコイドにニコン用のマウントアダプター付けてもいいのだが。1000ドル以下でキャノンが出さないでしょうか。

［統計］MacSpinみたいなもの

　３変数のデータを３次元（ｘｙｚ座標）の散布図にプロットしたといっても、プロットされている画面は所詮は二次元、どういう関係があるのかはなかなかつかみにくい（ときたま、すぐに把握できる人がいて、うらやましい）。ところが、そこで、どれかの軸のまわりで回転する（アニメーション）と点の群れが３次元空間に浮いているように見えて格段に特徴がつかみやすい。DonohoらのMacSpin（論文はこちら-Donohoの論文としてはあまり読まれていない方なのだろう）はこれをするソフトウェアで、はじめて見たときはこんなことができるのかと驚いたのをおぼえている。
　いまでもこの機能は便利だと思う。Macspinはその後、商業ソフトではなくなり、最近ではウェブサイトはあるもののソフトまではたどりつけなかった。フリーのソフトウェアでこの機能を持っているものはないだろうか(OSはLinuxでもMacOSXでもMS-Windowsでもいいのだが。どれでも使えるともっといい）。Rのパッケージにあってもよさそうな気もするのだが・・・探し方が悪いのかもしれない。
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（ここから9/14）
　久保さんからコメントのように教えてもらい、一番手近にあったMacOSX機でやってみた。rglパッケージのバージョン0.66がインストールされてしまってplot3dが使えなかった。すぐ、試してみたかったのでそれ以上追求せずMS-Windowsマシンを引っ張り出して試したらうまくいった。点の色を変えたりしてくるくる回してしばらく遊んでしまった。点によって色を変えたり（こちらは簡単）、点の大きさを変え（一度のプロットでは点の大きさは定数なので、二回に分けてプロット）たりしてみるのもすぐできた。できてしまうと、”放っておいても次にクリックするまではゆっくり回り続けるのも便利かも”などと勝手なことを考えてしまった。

［統計］プロファイル尤度

　関心のないパラメーターを消して尤度の表現を簡単にすることは、最尤法まわりでわりあい大切である。いくつかの方法が考えられており（どの方法でうまくいくかは場合による）、REMLで出てきた周辺尤度もその１つである。
　プロファイル尤度（profile　likelihood）は、関心のないパラメーター（局外母数）を尤度を最大化する値で置き換えてしまうことにより式から消してしまうものである。よく使われているが、プロファイル尤度でうまくいかないこともある。（Neymanが50年くらい前に考えたものなど、うまくいかない例がいろいろ考えられている。）
　たとえば、同じものを2回ずつ測るという例を考えてみる。ものは全部でn個あり、i番目のものの真の値はμiとする。測定値はどのものを測った場合も分散が等しくσ^2である正規分布にしたがうとする。ここで、σ^2を知りたいとする。つまり、現実の問題風に書き直してみると、n個のものをそれぞれ2回ずつはかることにより、その測定方法の測定誤差を知りたいといった場合である。
　i番目のものを測った２つのデータをそれぞれyi1とyi2とすると、対数尤度は、logL=-nlog(2π)-nlog(σ^2)-(1/2σ^2)∑｛(yi1-μi)^2+(yi2-μi)^2｝となる。あるσ^2のもとでは、μiが(yi1+ｙi2)/2のとき対数尤度は最大になる。これを対数尤度の式に代入しておき、σ^2だけ（がパラメーター）の式にしておく。今度はそれを最大にするσ^2の推定値を求めると、∑(yi1-yi2)^2/4nとなり、nが大きくなるとなんとσ^2/2になって（収束していく）しまう。
　もちろん、これは例なので、こんなときには、(yi1-ｙi2)を変数とみて（ここではDiとする）確率モデルを書けば、対数尤度を最大にするσ^2の推定値を求めると、∑(yi1-yi2)^2/2nとなり、nが大きくなればσ^2になる。

（加筆したあとの時刻に変更しました）

［大学］助教と助手

　大学の教員組織の変更とくに助教について、何度かここで書いたが、労働条件などの問題点をかなりまとめた文章を見つけた。国立大学法人法反対首都圏ネットワーク事務局の「労働条件、労働契約等の観点から見た2005年学校教育法改正に基づく教員組織変更の問題点」である。
　また、文部科学省高等教育局大学振興課が作った「大学の教員組織の見直しに関するＱ and Ａ」もネット上で見ることができる。
　大学の教育・研究ということには、労働条件や労働契約という観点からはカバーされないことも当然あるだろう。助教の講義担当なども問題として出てくるだろう。

［九大周辺］炭鉱跡

　およそ10年福岡に住んでいるが、遠賀川流域と大牟田が炭鉱地帯で、ばくぜんと福岡市周辺はそうではないように思っていた。調査で福岡市周辺を動き回ると、実は1950-1960年代までは多くの炭鉱があったことがだんだんわかってくる。志免町のたてこうやぐら（かなり遠くから見え、位置を知るのに便利）は、あれはなんだろうと思って調べてみてわかったが、最近、久山町の炭鉱から篠栗まで石炭搬出のトロッコが走っていて現在の九大農学部演習林の門前あたりのところは峠を越えるトンネルがあったことを知って驚いた（いろいろ教えていただいた方々、とくにTさんありがとうございました）。

［その他］持参する本の量

　昨日まで８日間、学科の学生実習で霧島に行っていた（本屋はない）。どこかに出かけるときどれだけ本（出先での仕事に必要な資料という意味ではなく、合間などに読む小説など）を持っていくかは荷物量をかなり左右する。小説などの本を読むスピードは、高校生くらいのときから、時速300ページであまり変化はない。想定される合間時間の合計に300を掛けた合計ページ数になるように持って行けばいいということになる。以前、新潟で働いていたとき、京都に出かける主な手段はJRの特急で６時間あまりかかっていた（富山付近で中間点であった）。往復分で12冊＋滞在中のあき時間分持っていけばいいことになる。実際には現地で調達するので10冊あまり持っていくことが多かった。
　持って行きたいものに文庫本が少ないときは、運搬が大変で、しばらく前から英語の本（時間がかかる）を１冊はまぜることにしている。今回は、島田荘司の『帝都衛星軌道』（”斜め屋敷”のような衝撃を与えてくれるものが読みたいのだが）、『配達あかずきん』（非常に良かったというわけではないのですが、シリーズ化されたら次も買ってしまいそう）、米澤穂信の『さよなら、妖精』（謎解きとしては？ですが、よかった）、有栖川有栖『乱鴉の島』（途中まではよかった）などを持っていったが、とくに雨で停滞ということもなかったのに、みな読んで日本語の本の手持ちがなくなって、『配達あかずきん』を繰り返し読んだりする状態に追い込まれた。Pawitanの『In All Likelihood』を持っていって助かった（ゲール語？は意味がわからなかったが、読みやすい本である）。本当に手持ちがなくなるのはおそろしい、その強迫観念でついつい「これも入れておくか」と荷物が増えていた。